马关县地处云南省东南部，文山壮族苗族自治州南部，位于北纬22°42′—23°15′，东经103°52′—104°39′之间。东与麻栗坡县相连，南与越南接壤，西南与红河州的河口、屏边两县毗邻，北与文山县交界，东与西畴县隔盘龙河相望。县境东西最大横距79公里，南北最大纵距61公里，最小纵距24.7公里。
　　县城马白距省会昆明442公里，距州府所在地文山72公里，距中越边境线约20公里；距昆河铁路和等级公路102公里，距“衡昆”高速公路106公里，距麻栗坡县天保口岸130公里。国境线长138公里，与越南的老街、河江两省的箐门、新马街、黄树皮、猛康四县接壤，目前已有公路与越南实现对接。
　　地形地势西北高，东南低。境内最高海拨2579米，最低海拨123米。由于海拨高差悬殊，气候类型跨北热带、南亚热带、中亚热带和北亚热带。低坝河谷炎热，中山浅丘温暖，高山温凉，形成了“一山有四季，十里不同天”的立体气候，具有冬无严寒，夏无酷热，干雨季分明等气候特点。年平均气温16.9℃，总积温4900℃一8250℃之间，年平均降雨量1345毫米，相对湿度84％；年日照时数为1804小时，全年无霜期达300天以上。
　　全县国土面积2676平方公里，其中：中山和峡谷型地占土地总面积的87.7%，盆地和宽谷型地占土地总面积的12.3%。2002年，有耕地面积44.36万亩（土地详查为102.5万亩），其中：田10.2万亩（土地详查为16.3万亩），地34.2万亩（土地详查为80.2万亩）。农民人均耕地面积1.39亩（土地详查为2.92亩）。全县土壤类型有砖红壤、赤红壤、红壤、黄壤、黄棕壤、棕壤、暗棕壤、石灰（岩）土、水稻土共9类27个土种。低山河谷区大多是砖红壤、赤红壤，中山丘陵区多为红壤、黄壤，中山和高山区多为棕壤、黄棕壤、暗棕壤。土壤瘦、薄、酸、粘现象突出，缺磷少钾，土地质量差，产出率低。